第135話『毒薬と魔術とルパン三世』と第122話『珍発見ナポレオンの財宝』
展開は、架空の王国という『ルパン三世』でよくある舞台に、『名探偵コナン』の推理で犯人を追い詰めていくというもの。不二子のお色気シーンやルパンダイブ（ただし、第2期OPとは左右対称）、コナンのスケボーによるカーチェイスなどの両者のお約束も取り入れられ、アイキャッチも双方（『ルパン三世』は第2期バージョン）のものが使用された。BGMについても、双方のものを使用している[1]。オープニングテーマとエンディングテーマは『ルパン三世のテーマ』であった[2]ほか、『名探偵コナン』を象徴する曲である『名探偵コナン メイン・テーマ』も、コナン初登場時やカーチェイス、クライマックスなどのシーンで使用された[3]。キャラクターについては、『名探偵コナン』側の数が絞られており、毛利探偵事務所の面々と警視庁の警部や刑事のみである。コナンがあり得ない高さから無事に着地するシーンや蘭のお色気シーンなどに加え、かなりコミカルな動きの描写もあり、本作放送当時の『名探偵コナン』TVシリーズを基準に比較すると珍しい演出が盛り込まれている。一方、ルパン側は過去の劇場版2作品（『複製人間』や『カリオストロの城』）へのオマージュと窺えるシーンが登場したほか、ルパンや次元が拳銃を使うシーンがほとんど存在しない（拳銃の描写すら登場しない）という珍しい演出が施されていた。本作のみのサブキャラクターについては、『ルパン三世』と『名探偵コナン』双方のキャラクターデザインに準じたものが混在している。
推理作家であり、推理小説評論家としても名高いエラリー・クイーンは、「クイーンの定員」と呼ばれる古今東西の推理小説選（1845年から1967年の作品を対象としている）で、ルパンシリーズより『怪盗紳士ルパン』と『八点鐘』を取り上げ、特に『八点鐘』については、「ほとんどすべての批評家から、探偵ルパンの最良の見本をいくつか含んだ事件と折り紙をつけられた短編集」と非常に高い評価をしている。上記のミステリとしての評価とは逆に、冒険・伝奇ロマンとしてのルパンを積極的に評価する立場もある。特に、ルパン・シリーズを通読すると、ルブランの歴史趣味を多分に感じる事ができる。「女王の首飾り」では有名な首飾り事件が密接に絡み、「奇岩城」では鉄仮面、マリー・アントワネットやフランス革命ばかりかカエサルやシャルルマーニュにまで言及されている。「カリオストロ伯爵夫人」ジョゼフィーヌ・バルサモは、詐欺師であり怪人物として知られるカリオストロ伯爵ジュゼッペ・バルサモの娘として設定され、その作中では、シャルル7世の愛妾であったアニェス・ソレルの故事にも触れられている。その他上記の類の例は、短編から「813」などの長編まで、枚挙に暇がない。また「三十棺桶島」では、ブルターニュ地方を舞台にしたケルトの土俗、ドルメン、ドルイド僧などの伝奇ロマンとしての雰囲気作りがおどろおどろしく、ルパン作品の翻案も手がけた横溝正史の「獄門島」、「八つ墓村」などへの影響が感じられる。
第二次世界大戦中に各国諜報部員が捜し求めていた秘伝の金属「クラム・オブ・ヘルメス」とその製法が記された錬金術書の争奪戦を軸に、ルパンファミリーの「ファーストコンタクト（最初の出会い）」のエピソードが明らかになる。演出としては、ルパンと五ェ門が勝負するシーンは『TV第1シリーズ』第5話「十三代目五ェ門登場」の演出とほぼ同じ（他にも五ェ門に関する一部の演出に関しては原作初期の対五ェ門篇が一部踏襲されている）である、第1話のラストの「裏切りは女のアクセサリーみたいなものさ」という台詞があるなど、初期のTVシリーズや劇場版などをイメージした演出が目立つ。BGMについては、過去のTVスペシャルの物が使用されている。また、オープニングテーマにテレビスペシャル版の「ルパン三世のテーマ」、エンディングにテレビシリーズ第2期で使われていた「ルパン三世のテーマ'78」のアレンジバージョンが使われている。
また、2009年は日本テレビ開局55周年とよみうりテレビ開局50周年特別記念作品として『名探偵コナン』とのクロスオーバー作品『ルパン三世VS名探偵コナン』が制作された。なお、通常のTVSPは7月の最終週に放送されるが、本作は3月に放送されている。その関係もあって2009年は単独の新作が作られておらず、第二十一弾のTVSPは2010年2月に放送された。1971年連載開始。全36話。テレビアニメの放送に合わせて連載された作品。単行本では第1シリーズに合併され、「さらば愛しきルパン!」の次の第95話から始まっている。前作の3年後という設定で始まっている。1977年連載開始。テレビアニメの放送に合わせて連載された作品。全189話+番外編1話（単行本未収録を除く）。前作の5年後という設定で始まっている。