第43話「さらばシンデレラ」と第77話『星占いでルパンを逮捕』
演出の軸は御厨恭輔、キャラクターデザインの北原健雄は全話の作画監督も担当し作画面の責任を負った。前番組の『元祖天才バカボン』から引き継いだ東京ムービーのスタッフ陣である。脚本は、前シリーズから引き続き、大和屋竺、山崎忠昭ら、日活などで活躍した実写畑系ライターが顔を揃えた。彼らの人脈から、映画監督の高橋伴明、本作で脚本家デビューを果たした浦沢義雄らも加わる。シリーズ途中からは監修として映画監督鈴木清順も参加した。選曲は鈴木清司。彼による独特の音楽演出手法（劇伴を細かく編集し、半ば効果音のように1コマ単位で映像に合わせる）は前番組同様に随所で試みられた。前シリーズの演出家3人の内、大隈正秋と高畑勲は参加していない。宮崎駿は、劇場映画第二作『ルパン三世 カリオストロの城』を監督するため、日本アニメーションから東京ムービー系のテレコム・アニメーションフィルム（以下テレコム）に移籍している。テレコムの社員の仕事として、本シリーズ後半で照樹務名義で2作品の脚本と演出を担当している（第145話『死の翼アルバトロス』、最終話『さらば愛しきルパンよ』）。この2作は放映当時はテレビ局側からの評価はおもわしくなかった。すでに出来上がっていたルパン三世のキャラクターデザインからかなり外れていたため、一度は局側から受け取りを拒否されている。前シリーズでキャラクターデザイナー、作画監督を担当した大塚康生は、TV第2シリーズの企画内容を知り、素直には喜べなかったそうである。彼も、劇場映画作品への参加を東京ムービー社長から誘われ、シンエイ動画からテレコムへと宮崎同様に移籍していた。だが劇場版第一作『ルパン三世 ルパンVS複製人間』では製作がすでに進行していたため、監修名義でほとんど何もしなかった。宮崎駿が監督を務めた第二作『ルパン三世 カリオストロの城』には作画監督として参加している。TV版には、原画の下請けを担当するテレコムの、新人アニメーターの教育係として参加している。大塚は、第72話『スケートボード殺人事件』にて、人手不足を補うため久々に作画に参加、前シリーズ風のルパンたちを描く。このテレコム作画回は新作スタッフによってすべて本シリーズの顔に修正された。その後もテレコムが作画を担当した第82話『とっつぁん人質救出作戦』、第84話『復讐はルパンにまかせろ』、第99話『荒野に散ったコンバットマグナム』、第105話『怪奇鬼首島に女が消えた』まで本シリーズのデザインに基づいた修正が施された。だが、その後もキャラクターデザインを尊重しない作画が続いたため、作画監督は修正を放棄してしまう。第143話『マイアミ銀行襲撃記念日』からは修正がなされず、前述の「ルパンの顔が違う」と局側から一度は納品拒否される事態が生じたのはこのためである。
この島の防御システムの正体は何なのか。ルパン達はその鍵を握るとされる将軍の娘エメラに接近するが、銭形が仕掛けたおとり作戦にはまってしまう。今やルパンには懸賞金がかけられ、銭形やズフ国家警察長官クライシスだけでなく、賞金稼ぎにも追われる身となる。エメラのおとりとなってルパンのアジトに潜入した女性捜査官オーリエンダーはルパンたちから奇妙な話を聞かされる。将軍に殺されたはずのパニシュ王子を街で見たというのである。王子に対して特別な感情を抱くオーリエンダーは彼を求めて街へ繰り出す。物語は王子の出現とルパンの仕事とが並行して展開していく。『土曜トップスペシャル』が終了して2年半。それ以降土曜の夜に単発番組が編成されることは無かったが、それまで2時間枠だった『木曜スペシャル』が再び90分枠に戻ったのに伴い、1988年4月16日から別枠で2時間の単発ゾーンを土曜のゴールデン枠に設けた。放映された内容も、『木曜スペシャル』と違う編成、又は「欽ちゃんの仮装大賞」、「鳥人間コンテスト」といった日テレの名物企画などであった。また、同番組はプロ野球中継の雨傘番組としても用いられた。後期の同番組の後継枠『マジカル頭脳パワー!!』編成後は視聴率的に好調なため編成されなくなったが、『木曜スペシャル』と枠交換し、『スーパースペシャル'94〜2004』になってから三度編成されるようになった。
この作品においてのルパンの衣装は、劇場映画第1作『ルパンVS複製人間』と同じカラーリングである。また、銭形警部の所持する十手が『炎の記憶〜TOKYO CRISIS〜』以降初めて登場している。なお、不二子のヘアカラーは過去の話をするストーリーということから、過去では茶髪、現代では金髪というデザインとなっている。両方のカラーリングの不二子が見られるのはこの作品が唯一である。本作はTVスペシャルのシリーズが始まって以来、初めてセル画からデジタル製作に変更となっている。また、それまで監督やデザインの変更はあれど、中核の作画スタッフ、撮影、編集、録音、音楽、音響、動画検査、色指定、特殊効果にいたるまで、1977年度のテレビ第2シリーズ、もしくは1989年の『ヘミングウェイ・ペーパーの謎』から、ほぼ変わらないスタッフで手がけてきていたが、この作品からスタッフが流動的になる。「出会い」をテーマに描くにあたり、原作およびTVシリーズでの既出設定をリセットしているため、本作は他シリーズから独立した（外れた）外伝的単独エピソードであるともとれる（しかしそもそも原作とTVシリーズとの間でも一致しない設定は多々存在する）。ただし全体が「ジャーナリストの女性に対して語って聞かせた話」に仕立てられていることで「どこまでが真実で、どこからが虚構か」を曖昧にされており、一応の整合性を計っている。
2000年、押井に対してあらためて新作ルパンの監督のオファーがあり、このときは「好きにしていい」と言われたものの、断ってしまった。その理由について問われると、本人は「主人公に腕毛が生えてるのが気に入らないから」とうそぶき、[2]2008年には、「今の時代にあんなキャラを成立させられない」と話した[3]。ある狂気の建築家が東京のど真ん中にバベルの塔を模倣した塔を建てるが、完成当日に投身自殺する。ウェルカム・トゥ・ネバーランド駅。世界中にもう盗むモノが無くなり、怪盗としてのアイデンティティを喪失し、酒場でポーカーで大儲けしたものの袋叩きに遭い、身ぐるみはがれたルパンと次元。「そろそろ何かやろうぜ」と次元が促すもルパンは「今更何をやるんだ」とやる気をなくしていた。そこに若い女が依頼を持ち込んできた。